Pod prezbiterium znajduje się ciekawa, nie spotykana w kościołach gotyckich dwunastoboczna kaplica przypominająca kryptę. Powoduje ona wyraźne wyniesienie prezbiterium i głównego ołtarza nad poziom kościoła. Jej rzut poziomy zbliżony jest do elipsy. Sklepienie gwiaździste wspiera się na okrągłym filarze, w którym koncentrycznie zbierają się wszystkie żebra. Interesujące są tu zworniki oraz wsporniki - "służki" podtrzymujące przyścienne zakończenia żeber. Pierwotny gotycki wystrój wnętrza zniszczył pożar w 1532 roku. Dopiero na przełomie XVII i XVIII wieku jezuici zapewnili nowy, barokowy wystrój świątyni. Większość rzeźb i ołtarzy wykonał Jan Riedl, ołtarz główny jest jego najwybitniejszym dziełem, scena główna przedstawiająca Matkę Bożą z Dzieciątkiem w otoczeniu świętych umiejscowiona jest pod baldachimem wspartym na siedmiu kolumnach. janusz50938